Projekti aladel asuvate veekeskkondade ja veest sõltuvate ökosüsteemide seisundi paranemise hindamiseks teostatakse seiret. Selleks jälgitakse valitud vooluveekogude elustikku, uuritakse survetegurite mõju põhja-, pinna, ja rannikuveele ning tehakse kindlaks saastekoormused ja -allikad. Eru-Käsmu ja Narva-Kunda lahe rannikuvete seisundite kohta modelleeritakse stsenaariumeid.

Jälgimise all on ka karjäärialadel asuvad veekogud, millele otsitakse võimalusi korrastamiseks. Hinnatakse minevikus tekkinud pinnase- ja põhjavee jääkreostuse eemaldamise efektiivsust. Lisaks selgitatakse välja rändetakistuste ja rikutud või hävitatud elupaikade mõju vee-elustikule. 

Seiret viivad läbi Eesti Geoloogiateenistus, Eesti Keskkonnauuringute Keskus, Tallinna Tehnikaülikool ja Keskkonnaagentuur.