Для оценки улучшения состояния расположенной на проектных территориях водной среды и водозависимых экосистем будет вестись мониторинг. С этой целью будет вестись наблюдение за биотой выбранных проточных водоемов, изучаться влияние факторов давления на грунтовые, поверхностные и прибрежные воды, будут определяться нагрузки и источники загрязнения. В рамках проекта будут смоделированы сценарии состояния прибрежных вод заливов Эру-Кясму и Нарва‑Кунда.

Также будет вестись наблюдение за водоёмами, расположенными на карьерных территориях, в отношении которых будет вестись поиск возможностей приведения в порядок. Будет проведена оценка эффективности удаления остаточных загрязнений почвы и грунтовых вод в прошлом. Кроме того, будет выявлено влияние миграционных барьеров и поврежденных или уничтоженных мест обитания на водные организмы.

Мониторинг проводят Эстонская геологическая служба, Эстонский центр экологических исследований, Таллиннский технический университет и Агентство по окружающей среде.