Остаточное загрязнение — это участок земли и водной среды, который был загрязнен в результате деятельности человека, или скопление оставленных в окружающей среде неиспользуемых опасных веществ, которые представляют собой опасность для здоровья населения в округе и для живой природы.

От остаточных загрязнений очищаются три объекта:

В 2020 году было ликвидировано остаточное загрязнение на территории бывшего шинного завода в Кохтла-Нымме. В общей сложности было удалено свыше 14 000 м³ сильно загрязненного грунта и 100 м³ масляных отходов. Загрязненная почва была извлечена с глубины двух метров до известнякового слоя. Был полностью удален и самый загрязненный участок — на поверхности земли больше нет полужидких остатков нефти. Выполненные работы обеспечат в будущем улучшение состояния подземных вод и будут способствовать улучшению состояния рек Кохтла и Пуртсе.

С русла и берегов реки Эрра в области карста Ухаку, будет удалено 1,5 км остаточных загрязнений. Толщина отложений смолы в реке Эрра колеблется в пределах 10–30 см, местами достигая полуметра. Расчетный объем пятен смолы составляет 14 700 м³. Вышеупомянутая смола встречается на берегах реки Эрра как в форме чистого отложения, так и в смеси с почвой. Пятна смолы и смола, смешанная с почвой, убираются экскаватором и вывозятся на место переработки. После удаления загрязнения будут проведены работы по благоустройству. Затем расчищенные участки разровняют и восстановят места обитания.

Почва Пахнимяэского асфальтобетонного завода загрязнена в четырех областях. Исследования показывают, что загрязненный слой почвы залегает на глубине до 7 м под землей. Из-за хорошо проводящих влагу почв и относительно глубоко расположенных грунтовых вод опасные вещества вместе с осадками проникли на большую глубину. Согласно исследованию 2005 года, общий объем загрязненной почвы оценивается в 21 300 м³. Так как территория всё еще используется, экскавация почвы невозможна. Поэтому проводится экспериментальная работа по определению наилучшей технологии очистки почвы, не требующей выемки грунта. В ходе мероприятия будет определена подходящая технология для очистки всего объекта и с ее помощью будет очищено 340 м³ грунта.