Projekti organisatsiooni eesmärk on tagada projekti administratiivne ning sisuline läbiviimine vastavalt rahastuslepingule. Projekti organisatsiooni kaudu tagatakse projekti peamise eesmärgi täitmine – Ida-Eesti vesikonna veemajanduskavas Viru alamvesikonnale ettenähtud meetmete rakendamine ning projekti peamiste tulemuste ja kogemuste jagamine.
Projekti organisatsiooni kuuluvad:
- juhtkomisjon,
- juhtgrupp,
- veemajanduskavade töögrupp,
- veekvaliteedi töögrupp,
- ökosüsteemi teenuste töögrupp,
- elupaikade taastamise töögrupp,
- rahvusvahelise teaduse töögrupp,
- tehnilise toe töögrupp ning
- kaasnevate projektide töögrupp.
Töögruppe juhivad töögruppide juhid. Töögruppide kaudu tagatakse projekti sisuliste eesmärkide ning administratiivsete ja tehniliste nõuete täitmine. Töögruppide juhid on juhtpartneri ja partnerite töötajad.