Projekti organisatsiooni eesmärk on tagada projekti administratiivne ning sisuline läbiviimine vastavalt rahastuslepingule. Projekti organisatsiooni kaudu tagatakse projekti peamise eesmärgi täitmine – Ida-Eesti vesikonna veemajanduskavas Viru alamvesikonnale ettenähtud meetmete rakendamine ning projekti peamiste tulemuste ja kogemuste jagamine.
Projekti organisatsiooni kuuluvad:
- juhtkomisjon,
- juhtgrupp,
- veemajanduskavade töögrupp,
- veekvaliteedi töögrupp,
- ökosüsteemi teenuste töögrupp,
- elupaikade taastamise töögrupp,
- rahvusvahelise teaduse töögrupp,
- tehnilise toe töögrupp ning
- kaasnevate projektide töögrupp.
Töögruppe juhivad töögruppide juhid. Töögruppide kaudu tagatakse projekti sisuliste eesmärkide ning administratiivsete ja tehniliste nõuete täitmine. Töögruppide juhid on juhtpartneri ja partnerite töötajad.
Projekti juhtkomisjon on projekti riigisisese kõrgema taseme nõustamis- ja suunamisorgan, mis tagab projekti sujuva läbiviimise, korraldab vastavaltvajadusele ressurssi ümber ning suunab projekti tulenevalt riigi ja kohaliku tasandi huvigruppide seisukohtadest. Juhtkomisjon tagab projekti kulutõhususe ning tulemusena parima võimaliku keskkonnamõju. Juhtkomisjon kohtub kaks korda aastas ning teeb otsused projekti progressi osas ja otsustab projekti strateegia üle.
Juhtkomisjoni liikmed ja peamised ülesanded on kinnitatud käskkirjaga.